La Communauté d'intérêts pour les transports publics estime qu'un financement sûr et à long terme des infrastructures de transport par le biais d'une solution de fonds est en principe judicieux.

Toutefois, le NAF comporte trois inconvénients majeurs :

1. l'extension des autoroutes prend trop d'importance, ce qui entraîne une augmentation du trafic et des embouteillages dans les agglomérations. Le FNA n'accorde pas suffisamment d'importance aux projets d'agglomération. La problématique des embouteillages dans les agglomérations s'accentue. Les projets d'agglomération devraient bénéficier d'une priorité plus élevée au sein du NAF. Ils ne doivent pas être étendus et doivent être financés à hauteur d'au moins 400 millions de francs par an. Selon la CITraP, les transports publics peuvent apporter une contribution essentielle à la résolution des problèmes.

2. le manque à gagner de 400 millions de francs provenant de l'impôt sur les véhicules automobiles dans la caisse générale de la Confédération entraîne des programmes d'économie. Les transports publics en souffriront également en raison de la réduction des prestations et de l'augmentation des tarifs. C'est pourquoi la CITraP rejette le transfert proposé de l'impôt sur les automobiles dans le NAF.

3. un 2e tube au Gothard, qui figure sous "adaptations", engloutit au total trois milliards de francs de plus pour la construction et l'entretien qu'un assainissement raisonnable avec un chargement ferroviaire performant des camions et des voitures. Ces moyens manqueront alors pour les projets d'agglomération. La CITraP s'oppose fermement à un 2e tube au Gothard.